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口腔黏膜由上皮和固有层构成。部分黏膜有黏膜下层。组成口腔黏膜上皮的细胞有角质细胞与非角质细胞之分。角质细胞由表层至深层共分为四层：角化层、粒层、棘细胞层和基底层。基底细胞和深部棘层细胞亦称生发层，可补充表层脱落的细胞。
非角质细胞包括黑色素细胞、朗格汉斯细胞及梅克尔细胞等。黑色素细胞位于口腔黏膜基底层，来自于神经嵴细胞，含黑色素颗粒，可成为口腔黏膜色素痣和黑色素瘤的来源。朗格汉斯细胞是一种树枝状细胞，与黏膜的免疫功能有关，起抗原呈递作用。梅克尔细胞位于基底层，起触觉受体的作用。
光镜下见上皮和固有层之间有一膜状结构，称基底膜，以半桥粒的方式与基底层细胞相结合。半桥粒发生改变时，可形成上皮的疱性病变。固有层中伸入上皮部分的乳头称为乳头层，其余称网状层。基本细胞成分是成纤维细胞，纤维主要是Ⅰ型胶原纤维。黏膜下层为疏松结缔组织，主要是为固有层提供营养及支持。
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