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尿路感染95%以上是由单一细菌引起的。大肠埃希杆菌是主要的致病菌；变形杆菌、产气杆菌、克雷白肺炎杆菌、铜绿假单胞菌、粪链球菌等也可以引起感染，多见于再感染、留置导尿管、有并发症的尿路感染者；白色念珠菌、新型隐球菌感染多见于糖尿病、使用糖皮质激素和免疫抑制药物及肾移植后的病人；金黄色葡萄球菌多见于因皮肤创伤或吸毒引起菌血症和败血症的病人；病毒、支原体感染少见，近年来有增多趋向。多种细菌感染见于留置导尿管、神经源性膀胱、结石、先天性畸形和阴道、肠道、尿道瘘等情况。
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