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抗原的基本概念
抗原（Ag）是刺激抗体产生的物质，也指能和MHC分子结合并向TCR提呈的分子或分子片段。蛋白和多糖是两类常见的抗原。这类抗原存在于细菌、病毒和其他微生物的包膜、荚膜、细胞壁、鞭毛、纤毛和毒素等物质。抗原可具有免疫原性和抗原性，前者指抗原刺激机体产生体液或细胞免疫应答的性质，后者指抗原被抗体（游离的或B细胞表面的）或TCR特异性结合的性质。具有免疫原性的分子都有抗原性，但具有抗原性的分子未必具有免疫原性。
抗原表位或称表位是抗原分子中决定抗原特异性的特殊化学基团，也是与TCR或抗体或BCR特异性结合的结构。
T细胞抗原表位和B细胞抗原表位
根据结构特点，蛋白类抗原的表位可被分为线性表位和构象表位。
根据T细胞和B细胞的识别特点，可将表位分为T细胞表位和B细胞表位。
共同抗原是指含有相同或相似表位的两个不同来源的抗原。共同抗原也称为交叉反应性抗原。由交叉反应性抗原激发的免疫反应称为交叉反应。由微生物抗原引起的交叉反应可引发自身免疫性疾病。
耐受原与变应原：耐受原是可诱导机体产生免疫耐受的抗原。
中枢免疫器官主要功能
骨髓是各类免疫细胞发生的场所，也是B细胞分化、发育和成熟的场所。骨髓功能缺陷会导致体液免疫缺陷或联合免疫缺陷。胸腺（thymus）是T细胞经历阳性选择和阴性选择的场所。在阳性选择的过程中，T细胞通过TCR和周围细胞表面的HLA分子识别结合。结合力低的T细胞发生凋亡而被清除，结合力高的T细胞获得继续分化成熟的机会。
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