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牙源性囊肿
含牙囊肿又称滤泡囊肿，镜下见纤维结缔组织囊壁内衬较薄的复层扁平上皮，无角化，无上皮钉突；纤维囊壁内炎症不明显。继发感染时，上皮增生，上皮钉突明显，囊壁组织内见大量炎症细胞浸润；纤维囊壁中有时可见牙源性上皮岛。
根尖周囊肿是颌骨内常见的牙源性囊肿，属于炎症性囊肿，镜下见囊壁内衬无角化的鳞状上皮，上皮钉突不规则增生，上皮细胞间水肿和中性粒细胞浸润。纤维囊壁内炎症明显，囊壁内可见含铁血黄素和胆固醇晶体沉积。有时衬里上皮和纤维囊壁内可见均质状透明小体。
非牙源性囊肿
鳃裂囊肿又称为颈部淋巴上皮囊肿常位于颈上部近下颌角处，胸锁乳突肌上1/3前缘。几乎所有囊壁内衬复层扁平上皮，可伴或不伴角化，纤维囊壁内含有大量淋巴样组织并形成淋巴滤泡。第一鳃裂囊肿的囊肿壁内缺乏淋巴样组织，与表皮样囊肿相似。
甲状舌管囊肿是甲状舌导管残余上皮发生的囊肿。囊壁常见假复层纤毛柱状上皮和复层扁平上皮的过渡形态。纤维性囊壁内偶见甲状腺或黏液腺组织。
黏液囊肿是黏液外渗性囊肿和黏液潴留囊肿的统称。它常发生于下唇黏膜，外渗性黏液囊肿通常是机械性外伤导致黏液外溢进入结缔组织内，黏液池被炎性肉芽组织和结缔组织包绕，无衬里上皮。潴留性黏液囊肿是唾液腺导管阻塞、唾液潴留致导管扩张而形成囊性病损。
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