胶内酶解,蛋白样品在凝胶电泳后进行针对性的酶解
1.蛋白样品进行凝胶电泳后,用刀片切下胶上目标胶点,置于EP管中。
2.用超纯水洗胶块,然后振荡1 min,放置5-10 min 洗去胶上的杂质。然后倒出液体,再加超纯水重复洗一遍,吸水纸吸去液体。
3. ⑴银染脱色:脱色液配制:30 mmol/L K3Fe(CN)6 : 100 mmol/LNa2S2O3=1:1,用前新鲜配制。(参考配制2 mL:K3Fe(CN)6 :9.9 mg溶于1ml超纯水中,15.85 mg溶于1 mL超纯水中,1:1混匀)须知:每一次加10个样,加完脱色液后置白纸上观察,颜色脱去后马上加水100 uL冲洗停止反应, 2分钟内吸出,再加100ul水重复洗两次,直到完全洗掉脱色液颜色(胶变得透明),脱色后加入百分之50乙腈,放置15 min后,吸出液体。
⑵考染脱色:加入50%乙腈,37℃水浴脱色,约30 min。可以看到胶上染料基本除去,变透明。如胶上颜色残余较深,可将液体吸出,再重复一遍,直至染料脱去,胶块变透明。
4.百分之100乙腈脱水至胶块变成白色,放置,若胶块没有变白,可将乙腈吸出,再加入百分之100乙腈脱水一次。
5.加入还原剂:25 mM的NH4HCO3(含10mM DTT),封口,57℃水浴1 h。参考配制:6.2 mg DTT,溶于4 mL 25 mM的NH4HCO3。(如是2-DE胶,直接跳到第8步)
6.从水浴锅取出样品后,室温冷却,去除液体,快速加入同体积的烷基化试剂室温暗处放置30 min.
烷基化试剂:25 mM的NH4HCO3(含55 mM IAA)
参考配制方式(4 mL):40.69mg IAA溶于4 mL 25 mM的NH4HCO3中
7.去除烷基化试剂,加入50%乙腈,放置15 min
8.加入50 mM的NH4HCO3震荡后静置吸胀5 min,再吸出。
9.先加50%乙腈脱水一遍,再用100%乙腈脱水至胶块变成白色。
10.每管加入适量的酶液(约2-3 μL),冰上放置30 min,直至胶块吸涨酶液。
酶液配制:2 μg Trypsin加入预冷覆盖液150 μL
覆盖液配制(2 mL):100%乙腈200 μL,100 mM的NH4HCO 30.5 mL,超纯水1.3 mL
须知:酶从冰箱取出后全部操作过程,涵盖样品加酶后,都要放到冰上。
11.检查酶液吸胀情况,多余的酶液吸走,酶液不够,即胶块中仍有白色,则加入适量酶液。
12.加覆盖液20 uL封口,37℃保温16-18小时。
13.萃取
(1)将样品从37度水浴锅中取出后,超声5 min,10000 g/1 min.
(2)将上清转移到新的200 μL的EP管中。
(3)在剩下胶块中加入萃取液(百分之100乙腈+2.5%TFA用于SDS胶条,2.5 % TFA,67% CAN用于MALDI,5% Formic Acid 67% ACN用于ESI;百分之90乙腈+2.5%TFA 用于2D胶),37%保温30 min,超声,合并。
萃取液参考配制3 mL:75 μLTFA、2023 μL 100%乙腈、915 μL超纯水。
(4)超声15 min,间隔5 min,重复超声15 min。水温不能超出40度。
(5)10000g/1 min,合并上清。
14.冷冻离心干燥
银染凝胶
考马斯亮蓝染色凝胶
须知:
1、每一步加入的液体量视胶块大小定,大多数情况下是50 uL/管。
2、每一次打开EP管盖子前,确认胶块在管内,并将胶块甩至管底。开盖子动作尽可能轻巧,避免胶块弹出。
上面这些内容就是胶内蛋白样品的酶解基本过程,希望本文内容能对大家能有一定的帮助,假设各位考生对这一方式有任何疑问或建议,欢迎各位考生在推文下方留言,同时本次考试内容编辑会按照各位考生的反馈,进行更进一步的说明和补充。后,祝愿科研道路上的大伙们都可以数据多,文章多,假设您认为资源对您有一定的帮助,请多转发,以帮更多需帮的人!
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5. 酶解 a) 按照胶粒大小,加入适合体积的胰蛋白酶工作液(浓度 10ng/uL),以完全盖住胶 粒为准,冰浴 45min,使胶粒充分吸收酶解液
蛋白质组学中蛋白样品的酶解方式-胶内酶解
1.蛋白样品进行凝胶电泳后,用刀片切下胶上目标胶点,置于EP管中。
2.用超纯水洗胶块,然后振荡1 min,放置5-10 min 洗去胶上的杂质。然后倒出液体,再加超纯水重复洗一遍,吸水纸吸去液体。
3. ⑴银染脱色:脱色液配制:30 mmol/L K3Fe(CN)6 : 100 mmol/LNa2S2O3=1:1,用前新鲜配制。(参考配制2 mL:K3Fe(CN)6 :9.9 mg溶于1ml超纯水中,15.85 mg溶于1 mL超纯水中,1:1混匀)须知:每一次加10个样,加完脱色液后置白纸上观察,颜色脱去后马上加水100 uL冲洗停止反应, 2分钟内吸出,再加100ul水重复洗两次,直到完全洗掉脱色液颜色(胶变得透明),脱色后加入百分之50乙腈,放置15 min后,吸出液体。
⑵考染脱色:加入50%乙腈,37℃水浴脱色,约30 min。可以看到胶上染料基本除去,变透明。如胶上颜色残余较深,可将液体吸出,再重复一遍,直至染料脱去,胶块变透明。
4.百分之100乙腈脱水至胶块变成白色,放置,若胶块没有变白,可将乙腈吸出,再加入百分之100乙腈脱水一次。
5.加入还原剂:25 mM的NH4HCO3(含10mM DTT),封口,57℃水浴1 h。参考配制:6.2 mg DTT,溶于4 mL 25 mM的NH4HCO3。(如是2-DE胶,直接跳到第8步)
6.从水浴锅取出样品后,室温冷却,去除液体,快速加入同体积的烷基化试剂室温暗处放置30 min.
烷基化试剂:25 mM的NH4HCO3(含55 mM IAA)
参考配制方式(4 mL):40.69mg IAA溶于4 mL 25 mM的NH4HCO3中
7.去除烷基化试剂,加入50%乙腈,放置15 min
8.加入50 mM的NH4HCO3震荡后静置吸胀5 min,再吸出。
9.先加50%乙腈脱水一遍,再用100%乙腈脱水至胶块变成白色。
10.每管加入适量的酶液(约2-3 μL),冰上放置30 min,直至胶块吸涨酶液。
酶液配制:2 μg Trypsin加入预冷覆盖液150 μL
覆盖液配制(2 mL):100%乙腈200 μL,100 mM的NH4HCO 30.5 mL,超纯水1.3 mL
须知:酶从冰箱取出后全部操作过程,涵盖样品加酶后,都要放到冰上。
11.检查酶液吸胀情况,多余的酶液吸走,酶液不够,即胶块中仍有白色,则加入适量酶液。
12.加覆盖液20 uL封口,37℃保温16-18小时。
13.萃取
(1)将样品从37度水浴锅中取出后,超声5 min,10000 g/1 min.
(2)将上清转移到新的200 μL的EP管中。
(3)在剩下胶块中加入萃取液(百分之100乙腈+2.5%TFA用于SDS胶条,2.5 % TFA,67% CAN用于MALDI,5% Formic Acid 67% ACN用于ESI;百分之90乙腈+2.5%TFA 用于2D胶),37%保温30 min,超声,合并。
萃取液参考配制3 mL:75 μLTFA、2023 μL 100%乙腈、915 μL超纯水。
(4)超声15 min,间隔5 min,重复超声15 min。水温不能超出40度。
(5)10000g/1 min,合并上清。
14.冷冻离心干燥
银染凝胶 考马斯亮蓝染色凝胶
以上就是本文蛋白质的酶解方法,胶内酶解的原理的全部内容
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