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引起疟疾的病因是感受疟邪，在《内经》亦称为疟气。疟邪具有的特点是：①舍于营气，伏藏于半表半里。如《素问·疟论》说：疟气“藏于皮肤之内，肠胃之外，此营气之所舍也”。《医门法律，疟疾论》说：“外邪得以人而疟之，每伏藏于半表半里，人而与阴争则寒，出而与阳争则热。”②随经络而内搏五脏，横连募原。③盛虚更替。④与卫气相集则引起发病，与卫气相离则病休。
其中引起瘴疟的疟邪亦称为瘴毒或瘴气，在我国主要存在于南方，所致疾病较重，易于内犯心神及使人体阴阳极度偏盛。
感受疟邪之后，疟邪与卫气相集，邪正相争，阴阳相移，而引起疟疾症状的发作。疟邪与卫气相集，人与阴争，阴实阳虚，以致恶寒战栗；出与阳争，阳盛阴虚，内外皆热，以致壮热，头痛，口渴。疟邪与卫气相离，则遍身汗出，热退身凉，发作停止。当疟邪再次与卫气相集而邪正交争时，则再一次引起疟疾发作。
因疟邪具有虚实更替的特性，疟气之浅深，其行之迟速，决定着与卫气相集的周期，从而表现为病以时作的特点。疟疾以间日一作者为多见，正如《素问·疟论》所说：“其间日发者，由邪气内薄于五藏，横连募原也。其道远，其气深，其行迟，不能与卫气俱行，不得皆出，故间日乃作也。”疟气深而行更迟者，则间二日而发，形成三阴疟，或称三日疟。
根据疟疾阴阳偏盛、寒热多少的不同，把通常情况下所形成的疟疾称为正疟；素体阳盛及疟邪引起的病理变化以阳热偏盛为主，临床表现寒少热多者，称为温疟；素体阳虚及疟邪引起的病理变化以阳虚寒盛为主，临床表现寒多热少者，称为寒疟。在南方地区，由瘴毒疟邪引起，以致阴阳极度偏盛，寒热偏颇，心神蒙蔽，神昏谵语者，则称为瘴疟。若因疟邪传染流行，病及一方，同期内发病甚多者，则称为疫疟。疟病日久，疟邪久留，使人体气血耗伤，正气不足，每遇劳累，疟邪复与卫气相集而引起发病者，则称为劳疟。疟病日久，气机郁滞，血脉瘀滞，津凝成痰，气滞血瘀痰凝，结于胁下，则形成疟母。
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