房地产开发公司全部使用自有资金，没有利息支出，实际发生的房地产开发费用450万元(属于营业费用、财务费用、管理费用)，取得土地使用权所支付的金额1000万元，房地产开发成本5000万元。按《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)规定计算可扣除房地产开发费用为(1000+5000)×10%=600万元。请问实际发生的房地产开发费用450万元小于计算可扣除房地产开发费用600万元，按照哪个金额扣除?
是否意味着开发企业在清算后发生的相关费用(包括土地款、开发成本、开发费用、税金、财政部规定的其他扣除项目)均不得计入土地增值税扣除项目?
【解答】
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)第三条第(二)项规定，凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。
上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行。
《天津市房地产开发企业土地增值税清算管理办法》(津地税地[2010]49号)规定，全部使用自有资金，没有利息支出的，按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除;
《海南省地方税务局转发国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(琼地税函[2010]250号)规定，全部使用自有资金，没有利息支出的，房地产开发费用的扣除比例为10%。
依据上述规定，对房地产开发费用采取的是按比例计算扣除办法，因此应当按照(1000+5000)×10%=600万元作为土地增值税开发费用扣除额。
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第八条规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。
根据上述规定，土地增值税采取项目清算方式。
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